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Obwohl es bei einer bakteriellen Herzinnenhautentzündung enorm wichtig ist, schnell die Diagnose zu stellen und mit der Therapie zu beginnen, kann es sehr lange dauern, bis der Arzt auf eine Endokarditis schließt. Der Grund sind die unspezifischen Krankheitssymptome wie Schwitzen, Appetitlosigkeit und Gewichtsverlust. Verläuft die Entzündung akut, gelten hohes Fieber und Schüttelfrost als führende Symptome. Der Arzt kann zudem fast immer ein neu aufgetretenes Herzgeräusch mit dem Stethoskop hören.

Von den entzündlichen Ablagerungen an den Herzklappen können Teile mit dem Blutstrom mitgerissen werden und in Folge ein Gefäß verschließen. Mediziner sprechen von einer Embolie. Dies kann in allen Organen vorkommen, insbesondere auch im Gehirn. Da dabei das betreffende Gewebe infiziert wird, nennt man dies septische Embolie. Eine Verschleppung von Bakterien ins Gehirn gilt als die schwerste Komplikation einer infektiösen Endokarditis, die außerhalb des Herzens auftreten kann. Betroffen sind bis zu 30 Prozent der Patienten.