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Eine bakterielle Endokarditis ist lebensbedrohlich. Die Behandlung sollte immer im Krankenhaus erfolgen. Dort bekommt der Patient Antibiotika als Infusion über die Vene (intravenös) verabreicht. Die Wahl des Antibiotikums hängt unter anderem von der Art des Erregers ab, der in der Blutkultur bestimmt wurde, und dessen Empfindlichkeit gegenüber dem Antibiotikum. Die intravenöse antibiotische Therapie wird üblicherweise für vier bis sechs Wochen fortgesetzt. Ziel ist es, die Bakterien vollständig aus dem infizierten Gewebe zu entfernen.

Befindet sich der Patient in einem akut lebensbedrohlichen Zustand, kann der Arzt das Testergebnis der Blutuntersuchung nicht abwarten, sondern muss sofort mit einer geeigneten Antibiotikatherapie beginnen. Liegen später die Ergebnisse der Blutkultur vor, kann der Arzt – wenn nötig – ein anderes Antibiotikum verabreichen, das gezielter gegen den Krankheitskeim wirkt.

Schlägt die antibiotische Therapie nicht ausreichend an und die Infektion am Herz schreitet fort, wird möglichst frühzeitig ein herzchirurgischer Eingriff notwendig. Neuere Ergebnisse zeigen, dass dadurch die Überlebenschance dieser schwerst kranken Patienten verbessert und vor allem auch das Risiko einer Embolie verringert werden kann. Eine Embolie kann als Folge einer bakteriellen Herzinnenhautentzündung entstehen, wenn sich die Ablagerungen an den Herzklappen lösen, die durch die Entzündung entstanden sind. Lösen sie sich, können sie ein Gefäß verstopfen und das Gewebe infizieren.