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Werden Feigwarzen vermutet, untersucht der Arzt den After- und Genitalbereich. Findet er charakteristische Hautstellen, begutachtet er diese genauer. Gegebenenfalls entnimmt der Arzt unter örtlicher Betäubung eine kleine Gewebeprobe (Biopsie) und lässt sie unter dem Mikroskop feingeweblich untersuchen.

Befinden sich die Feigwarzen auf der Schleimhaut des Intimbereichs, wird die Diagnosestellung unter Umständen schwieriger. Innerliche Kondylome bleiben daher oft länger unentdeckt. Haben sich Feigwarzen im Enddarm gebildet, kommt unter Umständen eine Darmspiegelung zum Einsatz. Betreffen sie die Harnröhre, kommt eine Harnröhren-Spiegelung in Betracht.

Da humane Papillomaviren sexuell übertragbar sind, sollte sich der Sexualpartner der infizierten Person ebenfalls untersuchen lassen.